Barbaros Hayrettin Paşa, 1546 yılında vefat etmiştir. 21 Eylül 1534 yılında bizzat kendisi tarafından yazdırılmış Barbaros Vakfiyesi’nde Beşiktaş’taki medrese yanına yaptırdığı türbeye defnedilmesini ve kabrinin üzerinde kandil yakılmasını vasiyet etmiştir. Mimar Sinan tarafından 16. yüzyıl Osmanlı klasik mimarisine uygun bir türbe inşa edilmiştir.